ftdna

Родственница по ДНК

В 14-м году я, в надежде найти каких-нибудь неизвестных родственников или просто узнать о себе что-то новое, сделал ДНК-тест на одном из популярных американских ресурсов. С той поры нашлось более 3000 совпадений, но всё бестолку — не было точек соприкосновений и привязать их моему родовому дереву не получалось.

А в прошлом году в таблице совпадений появилась потенциальная родственница, у которой в предках обнаружилась фамилия, которая встречается и в моём дереве — Макридины. Лазырь Макридин, родившийся в середине 18 века — мой пра­пра­пра­пра­пра­пра­дедушка.

Скриншот: ДНК-совпадение 0,7% (52,0 см), 3 сегмента. Предки — Макридины. Места: Россия, Латвия.
Найденная по ДНК родственница, живёт сейчас в Латвии, имя и фамилию зацензурировал

Я ей сразу написал через интерфейс сайта, но ответа не получил. Немного расстроился, но что делать — может человек общаться не хочет, или на сайт не заходит, а то и умер — c’est la vie.

И вот на днях она отозвалась (редко заходит, только недавно увидела мой запрос), после чего мы списались по уже почте и буквально в две итерации нашли общего предка — им оказался мой прапрадед Сергей Васильевич Макридин (1873—1957).

Одно расследованное совпадение за все эти годы, это, конечно, негусто. Но ситуация объясняется, по всей видимости, тем, что среди моей родни почти нет иммигрантов. Все, до кого я так или иначе дотянулся, живут на территории бывшего СССР. А у нас анализ ДНК только набирает популярность — из-за дороговизны, а когда-то ещё и из-за отсутствия рекламируемых аналогов.

Аналогичные российские сервисы я по разным причинам не жаловал, но кажется пришла пора их изучить — всё-таки там вероятность найти родню гораздо выше.

2 комментария

FTDNA и Promethease

В начале года я заказывал тест ДНК в компании «Family Tree DNA», в интерпретации результатов компанией, к слову сказать, была ошибка, я ещё напишу об этом, когда история закончится.

Мне ещё тогда в комментариях подсказали сервис «Promethease», который за пять долларов может проанализировать полученные данные и что-то сказать вам по ним о вашем здоровье. К сожалению, ни тогда, ни сегодня заставить работать Promethease с полученными от FTDNA данными не получилось — сервис упорно писал и пишет, что формат ему не знаком.

Пришлось разбираться в чём же дело. В итоге проблему я победил, рецептом делюсь. Во-первых, вам потребуется файл с данными анализа вашей ДНК, я скачал его из раздела FamilyFinder, на скриншоте подчёркнутая красным ссылка внизу:

FamilyFinder (22.66КиБ)

Этот раздел находится на первой странице в том случае, если вы заказывали одноимённый тест.

В этом разделе у меня пять ссылок, я скачал файл по ссылке «Build 36 Autosomal Raw Data» и совершенно без понятия чем файлы по ссылкам различаются и подойдут ли оставшиеся, с этим я ещё не разбирался.

Далее файл надо распаковать, если ваш браузер ещё этого не сделал. Для этого под «Маком» и «Линуксом» можно воспользоваться утилитой командной строки gzip, а под Виндоузом его распаковывать умеет «WinRAR».

Внутри архива будет файл в формате CSV («значения, разделённые запятой»), его надо сконвертировать в формат 23andme при помощи небольшой утилиты, которую я написал. Лучше её не копировать через буфер обмена (в ней есть символы табуляции, которые важны и могут пропасть), а сохранить на компьютер браузером или как-то иначе.

Как запускать её под Виндоуз я не решусь рассказывать, как-то можно, но я на память не опишу этот процесс, больше пяти лет под этой ОС не работал, на «Маке» и «Линуксе» это делается из командной строки. Полностью процесс выглядит вот так:

# распаковываем архив
gunzip ftdna.csv.gz
# скачиваем утилиту
curl -O https://raw.githubusercontent.com/bolknote/shellgames/master/ftdnato23andme.sed
# делаем файл запускаемым
chmod a+x ftdnato23andme.sed
# конвертируем
./ftdnato23andme.sed < ftdna.csv > 23andme.txt

Получившийся файл 23andme.txt надо залить на Promethease, заплатить пять долларов и минут через двадцать (запросы на обработку данных ставятся в очередь) получите результат. У меня из целая куча «плохих новостей» (так и написано): повышенный риск облысения, 77% вероятности непереносимости лактозы, в три раза выше риск дегенерации мышц с возрастом и ещё ворох подобных «прелестей», «хороших новостей» тоже немало, но там чаще всего «вероятность получения рака простаты не выше нормы» и тому подобное, какие-то поддельные хорошие новости — не радуют.

23 комментария

Генетические исследования

Ещё один способ исследовать своих предков — генетические исследования. Это очень новая область, пока ещё недостаточно проработанная, но сомнений нет — это наука, а не спекуляция на популярную тему. Желающим подробно ознакомиться с предметом рекомендую книгу «Происхождение человека по данным археологии, антропологии и ДНК-генеалогии» Клёсова и Тюняева.

Вкратце, принцип такой.

Как многие знают, у мужчины, в отличие от женщин, есть игрек-хромосома. Она передаётся от отца к сыну, туда не примешиваются гены от матери. Время от времени в ней возникают мутации и скорость их возникновения примерна известна. Сравнивая ДНК разных людей, можно с хорошей точностью определить степень их родства, вернее определить приблизительное время, когда жил их общий предок.

Сравнивают не все ДНК, а избранные участки, которые называют «маркерами». Их выбирают так, чтобы мутация в этом участке была устойчивой, а болталась туда-обратно у разных популяций.

Маршрут (125.04КиБ)

На карте выше тёмно-коричневая стрелка с надписью «R1b» — условный путь распространения моих предков, начиная от первой популяции, которая условно называется «адам». Это не говорит о том, что человечество тогда только из неё и состояло, просто выжили только потомки «адамов».

Я заказал проверку 67 маркеров, но полностью их ещё не проверили, проверка разбивается на части и выполняется в порядке живой очереди. Первые результаты у меня должны были быть в конце марта, а получил я их уже сегодня, повезло. Следующие обещают в начале апреля. Текущий результат — я принадлежу к популяции «R1b1a2» (это подгруппа «R1b»), карта расселения которой на рисунке ниже:

Карта расселения R1b1a2 (70.11КиБ)

Что в точности значат эти буквы и цифры я не разбирался, но примерно всё обстоит следующим образом. Как правило, чем дальше первая буква от «A», тем больше мутаций отделяют этот род от первых условных людей. Моя «R» означает, что я от них по этому показателю довольно далеко. Цифры и буквы далее обозначают наличие мутации внутри всё более мелких групп.

В книге «Происхождение…» (на которую я ссылался выше) про группу «R1b1» написано, что это, вероятно, представители «курганной культуры», проникшие 5—7 тысяч лет назад в южные степи России и Украины на своём пути из Центральной Азии до Ближнего Востока, расселились они вплоть до Северной Африки (включая Египет и Алжир) и через Пиренейский полуостров — в Европу, где они сейчас наиболее широко представлены. Среди этнических русских их всего 5%. Можно сравнить с группой «R1a1», у русских она встречается в 48% случаев.

«Википедия» о «R1b1a2» рассказывает следующее:

Этот вывод подтверждается дальнейшими исследованиями подгруппы R1b1a2, носителем которой являлся фараон Тутанхамон. Она предположительно зародилась на Кавказе около 9500 лет назад — известно что до расселения семитов кавказские народы (урарты; хатты; хурриты; шумеры) были широко расселены по территории Ближнего Востока — и начали миграцию в Европу около 7000 лет назад (см. Балканский неолит). Часть её представителей мигрировала в Северную Африку (примером массовой миграции из Ближнего Востока в Египет является нашествие гиксосов, которое имело место за пол тысячелетия до рождения Тутанхамона).

Это всё, конечно, интересно, но есть ли более ощутимая польза от такого исследования? Оказывается есть! Можно загрузить свои маркеры в одну из библиотек и найти родственников, общие предки с которыми жили несколько сотен лет назад. И это уже очень интересно для исследования, так как позволяет найти корни, которые иначе и не обнаружить.

Теперь немного о том как же отправить свою ДНК на исследование. Из всех компаний, которые этим занимаются, я выбрал ФТДНК. Основная причина такого выбора — в этой компании ваш генетический материал замораживают, позже можно докупать более расширенные исследования.

Процесс прост. Регистрируетесь на сайте, оплачиваете исследование (имеет смысл дождаться акции, когда цены снижены, я подождал Рождества), через какое-то время по почте приходит вот такой набор:

Набор ФТДНК (120.06КиБ)

Пара палочек, пара колбочек и конверт. При помощи палочки специальной щёткой на её конце (касаться руками её нельзя!) трём за щекой, щётку кидаем в колбочку. Одна щётка на одну щёку. Колбочки упаковываем в конверт и отправляем «Почтой России» в Штаты. Доставка заняла девять дней.

Есть какое-то поверье, что через «Почту России» нельзя пересылать любой генетический материал. В списке предметов, запрещённых к пересылке на сайте «Почты России» ничего про это нет, запрещено только пересылать ограны, ткани человека, кровь и её компоненты, ничего про слюну или генетический материал.

На почте меня только спросили что я собираюсь отправить, я честно спросил «свою слюну на исследование», никаких проблем не возникло. На сайте ФТДНК я уже через несколько дней увидел, что посылка получена, а потом наблюдал все стадии — выделение материала, отправка в лабораторию и так далее. Обо всём значимом сайт предупредит электронным письмом, так что ничего важного не пропустите.

Я пока не загружал свои маркеры в библиотеки, чтобы поискать родственников, дождусь уж выделения всех 67 маркеров (кстати, можно заказать ещё больше — 111). Если найду что-то интересное — расскажу дополнительно.

41 комментарий